1948年12月22日，国民党政府教育部正式任命傅斯年为台湾大学校长。当月，由他主持的历史语言研究所也迁到了台湾杨梅镇。
Ngày 22 tháng 12 năm 1948, bộ giáo dục chính phủ Quốc dân Đảng chính thức bổ nhiệm Phó Tư Niên làm hiệu trưởng trường đại học Đài Loan. Tháng đó, sở nghiên cứu ngôn ngữ lịch sử do ông phụ trách cũng được dời đến thị trấn Dương Mai, Đài Loan.
1949年1月20日，傅斯年正式就任台湾大学校长。
Ngày 20 tháng1 năm 1949, Phó Tư Niên chính thức nhậm chức hiệu trưởng trường đại học Đài Loan.
假如没有傅斯年，台湾大学在那样动荡的时局中，想要在短时间内迅速崛起，发扬光大，奠定一个现代大学的基础，的确是难以想象的。
Giả sử không có Phó Tư Niên, trường đại học Đài Loan, trong thời loạn lạc đó, muốn nổi lên nhanh chóng trong thời gian ngắn, phát huy rực rỡ, đặt nền nền móng cho một trường đại học hiện đại, thực sự là rất khó tưởng tượng.
傅斯年之所以能把台大办成孤岛上的北大，不仅取决于他的才干，取决于他大刀阔斧的勇气与锐气，更主要的是他的办学理念。他完全继承了北大的传统，在相当程度上保持了大学的独立性和学术的尊严，比如拒绝三民主义进学校等。
Phó Tư Niên sở dĩ có thể xây dựng trường đại học Đài Loan trở thành trường giống như đại học Bắc Kinh trên đảo, không chỉ nhờ sự tài giỏi của ông ấy, còn nhờ nhuệ khí và dũng khí làm ăn lớn của ông, mà điều quan trọng hơn là tư tưởng quan niệm lập trường học của ông. Ông hoàn toàn kế thừa truyền thống của trường đại học Bắc Kinh, giữ được tính độc lập của đại học và sự tôn nghiêm của học thuật ở một mức độ tương đối, ví dụ cự tuyệt đưa chủ nghĩa tam dân vào trường học.
他强烈反对把大学当作培养工具的摇篮，坚决摈弃大学的工具主义思想。抬头看看今天笼罩在工具主义思想之下的大学，想想傅斯年当年身体力行的理想，不禁让人黯然神伤。
Ông phản đối kịch liệt việc coi trường đại học là cái nôi bồi dưỡng công cụ, kiên quyết loại bỏ tư tưởng chủ nghĩa công cụ của đại học. Ngẩng đầu nhìn đại học ngày nay bị bao trùm dưới tư tưởng chủ nghĩa công cụ, nghĩ đến lý tưởng mà Phó Tư Niên năm xưa cố gắng thực hiện, không khỏi khiến người ta ủ ê đau xót.
同时，他倡导俭朴的学风。他到台大的第二个学期，发布了这样一个布告：
Đồng thời, ông đề xướng phong cách học tập giản dị, tiết kiệm. Học kỳ 2 ông đến trường đại học đài Loan, đưa ra một tuyên bố như thế này:
“本校学风，素称俭朴，然亦偶有有钱人之子弟，习为奢侈者。兹在学年开学之始，特行告知诸生，如有娇养成性，习尚浮华者，务请不入本校之门；既入事本校之门，即须改行自新，须知国家办此大学，费钱甚多，经费皆民脂民膏，岂容此辈滥等其内，浪费本校教育之努力！以后如见有习尚浮华、衣食奢侈者，必予以纠正，或开除学籍。”
“Phong cách học tập ở trường này vốn giản dị tiết kiệm, tuy nhiên cũng có con em những người có tiền, những người quen thói xa xỉ. Nay là lúc bắt đầu khai giảng năm học, đặc biệt thông báo với các sinh viên, nếu có người được nuông chiều, quen thói phù hoa, thích sự hào nhoáng, xin đừng vào cổng trường này; đã vào trường rồi, phải thay đổi bản thân, phảibiết rằng nhà nước mở trường đại học này, chi phí rất nhiều, kinh phí đều là mồ hôi của dân, đâu để cho hạng này trà trộn vào bên trong, lãng phí sự nỗ lực của giáo dục trường này, sau này nếuthấy có kẻ ưa hào nhoáng, ăn mặc xa xỉ nhất thiết phải tiến hành chỉnh sửa hoặc là đuổi học.”
什么是大学精神？这是他耿耿于心，始终不曾忘怀的。“大学也必须有大学的校长，包括精神与形式”，“发挥大学精神”、促进学术空气”，是他办台湾大学期间首先考虑的。
Tinh thần đại học là gì? Đây làđiềuông luôn canh cánh trong lòng, trước sau không quên. “Đại học cũng cần phải có hiệu trưởng của đại học, bao gồm tinh thần và hình thức”, “phát huy tinh thần đại học, thúc đẩy không khí học thuật” là điều ông suy nghĩ đầu tiên lúc mở trường đại học Đài Loan.
1949年11月，在台大第四次校庆时，他发表演讲说，不许把大学作为任何学术以外目的的工具，“如果问办大学是为什么，我要说：办大学为的是学术，为的是青年，为的是中国和世界的文化，这中间不包括工具主义，所以大学才有它的自尊性。这中间是专求真理，不包括利用大学作为人挤人的工具。”
Tháng 11 năm 1949, vào ngày hội trường lần thứ 4 ở đại học Đài Loan, ông phát biểu, không cho phép coi đại học là công cụ của bất kỳ mục đích nào ngoài học thuật, “nếu hỏi tại sao lại mở trường đại học? Tôi sẽ nói: Mở trường đại học là vì học thuật, là vì thanh niên, là vì văn hóa Trung Quốc và thế giới, ở trong đó không bao gồm chủ nghĩa công cụ, cho nên đại học mới có tính tự tôn của nó. Trong đó chỉ theo đuổi chân lý, không có việc lợi dụng trường đại học làm công cụ để người người đấu đá với nhau.”
在最根本的意义上说，大学精神就是傅斯年说的“专求真理”这四个字，这是第一位的，其余的都是次要的。这和竺可桢当年为浙江大学确立的“求是”校训，和哈佛大学的校训也都是相一致的。本着这一理想，傅斯年呼吁学生第一是要立信，在品行上自我修炼，一个社会，品行好的人多，社会就会健全，反之就很危险。“这一时代，真是邪说横流的时代，各种宣传每每以骗人为目的，在宣传者不过是想用宣传达到他的目的，但是如果一个人养成说瞎话的习惯，可就不得了。人与人之间，因为说瞎话不能放心，团体与团体之间，因为说瞎话不能放心，社会上这个风气厉害了，社会就上不了正当轨道。”在大学里这一观念尤其重要，他倡导“知识的诚实”，如果没有这样的精神，学问不能进步，发明更谈不上。“所以立信是做人、做学问一切的根本，也是组织社会、组织国家一切的根本。”
Xét về ý nghĩa căn bản nhất, tinh thần đại học chính là 4 chữ “theo đuổi chân lý” mà Phó Tư Niên nói, điều này đứng đầu, những thứ khác đều là thứ yếu. Điều này thống nhất với huấn từ “cầu thị” của nhà trường mà Bích Khả Trinh xác lập cho trường đại học Chiết Giang năm xưa và cũng thống nhấtvới khẩu hiệu truyền thống của trường đại học Havard. Dựa theo lý tưởng này, Phó Tư Niên kêu gọi sinh viên đầu tiên là cần tạo lập niềm tin, tự mình rèn luyện về phẩm hạnh, một xã hội mà người có phẩm hạnh tốt nhiều, thì xã hội sẽ lành mạnh, còn ngược lại thì rất nguy hiểm. “Thời đại này, đúng là thời đại mà tà thuyết tràn ngập, các kiểu tuyên truyền luôn luôn lấy mục đích là lừa người, người tuyên truyền bất quá chỉ muốn dùng việc tuyên truyền để đạt được mục đích của anh ta, nhưng nếu một người có thói quen nói mò thì thật quá nghiêm trọng giữa người với người vì nói mò nên không thể yên lòng, giữa tập thể với tập thể, vì nói mò mà không thể yên tâm, trong xã hội, trào lưu này gay gắt thì xã hội không thể đi vào quỹ đạo được.” Quan niệm này đặc biệt quan trọng trong trường đại học, ông đã khởi xướng “sự thành thực của tri thức”, nếu không có tinh thần như thế, học vấn không thể tiến bộ, càng không thể nói đến phát minh. “Do vậy, tạo lập niềm tin là gốc rễ của tất cả việc làm người, làm học thuật, cũng là gốc rễ của mọi việc tổ chức xã hội, tổ chức đất nước.”
为维护大学精神，傅斯年一往无前、毫不退缩地站在前面。当时的台湾风雨飘摇，一切都没有上轨道，社会情绪激越。一方面他筚路蓝缕，致力于营造大学的学术氛围；另一方面他还要抵挡来自政治的风浪，以及社会上的各种攻击，他恪守的一条底线就是大学的独立与尊严。
Để bảo vệ tinh thần đại học, Phó Tư Niên đứng ở phía trước không hề nhụt chí. Đài Loan khi đó chao đảo không yên, tất cả đều không đi theo quỹ đạo, tinh thần xã hội sôi nổi. Một mặt ông gian khổ bắt đầu dồn sức vào xây dựng nên bầu không khí học thuật của trường đại học; mặt khác ông còn phải chống lại những sóng gió đến từ chính trị và các kiểu công kích trong xã hội, ranh giới mà ông tuân thủ nghiêm khắc chính là sự tôn nghiêm và độc lập của trường đại học.
他在国民党统治下致力于维护大学独立的原则，可以说已经竭尽所能。早在1932年，面对国民党在大学推行党化教育或三民主义教育，他就尖锐地指出：“教育如无相当的独立，是办不好的。当年以德皇威廉第二之专横，免一个大学校长的职，竟是大难……其用人行政，一秉法规，行政官是不能率然变更的。”
Có thể nói ông đã dốc hết khả năng vào việc ra sức bảo vệ nguyên tắc độc lập của đại học dưới sự thống trị của Quốc Dân Đảng. Vào năm 1932,đối mặt với việc Quốc Dân Đảng thực hiện rộng rãi giáo dục Đảng hóa hoặc giáo dục chủ nghĩa Tam Dân, ông liền gay gắt chỉ ra: “Giáo dục nếu không có sự độc lập tương đối, thì sẽ làm không tốt. Năm xưa, với sự chuyên chế của hoàng đế Wilhelm đệ nhị cách chức hiệu trưởng một trường đại học, đó là đại nạn… ông ta dùng người quản lý nhà nước, nắm cả pháp quy, quan hành chính là không thể đột nhiên thay đổi.”
难怪有人这样评价：“傅斯年先生掌台大两年最大的成就，在保持了学术独立和尊严，扩大了研究空气……许多不学无术的党棍子，想混进台大，许多翻云覆雨的官僚政客想染指……两年来明枪暗箭，栽赃诬陷，就地打液，集无耻之大成的各种手段，都对傅先生施用过，而傅先生英勇坚定，绝不为所动，贯彻自己的主张，且与这些丑恶势力对垒作战。”
Thảo nào có người đánh giá như thế này: “Thành tựu lớn nhất trong hai năm ông Phó Tư Niên nắm đại học Đài Loan là giữ gìn sự độc lập và tôn nghiêm của học thuật, mở rộng không khí nghiên cứu…rất nhiều những vô lại vô học bất tài, muốn trà trộn vào đại học Đài Loan, rất nhiều chính khách quan liêu lật lọng tráo trở, muốn chấm mút… Hai năm nay công kích công khai lẫn ngấm ngầm, lén bỏ tang vật vu cáo hãm hại, tập hợp vô số thủ đoạn vô liêm sỉ nhất, đều dùng qua với ông Phó, nhưng ông Phó anh dũng kiên định, tuyệt đối không dao động, quán triệt chủ trương của bản thân, ngày đêm đương đầu với những thế lực xấu xa này.